Mặc dù, Việt Nam đã xuất khẩu thành công nhiều mặt hàng có giá trị tới một số thị trường lớn trên thế giới, tuy nhiên việc xuất khẩu thủy sản hiện nay còn gặp nhiều thách thức như: Nguồn nguyên liệu không ổn định, giá thành sản xuất cao, làm giảm khả năng cạnh tranh; phải đáp ứng các Quy tắc xuất xứ hàng hóa, đến nay các doanh nghiệp Việt Nam mới tận dụng được 30% ưu đãi từ FTAs.
Ngoài ra, các doanh nghiệp cũng gặp vướng mắc trong rào cản kỹ thuật và bảo hộ thương mại, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, các quy định kiểm tra hóa chất, kháng sinh hay chương trình thanh tra riêng biệt, quy tắc xuất xứ, IUU, quy định về SPS và TBT, môi trường, trách nhiệm xã hội, lao động… Hơn nữa ngành thủy sản Việt Nam đang phải chịu sự cạnh tranh mạnh mẽ từ các nước Trung Quốc, Thái Lan, Bangladesh, Indonesia, Ấn Độ…
Một số doanh nghiệp chế biến thủy sản xuất khẩu trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa cho rằng, hiện nay, sản phẩm thủy sản xuất khẩu của Việt Nam đối mặt với nhiều rào cản kỹ thuật ngày càng khắt khe về an toàn vệ sinh thực phẩm, truy xuất nguồn gốc, trong khi các yếu tố bền vững, năng lực cạnh tranh chưa cao, giá trị gia tăng trong sản phẩm thủy sản còn khiêm tốn, chưa đẩy mạnh chế biến sâu… Trong xu thế hiện nay, các doanh nghiệp chế biến đang tiếp tục củng cố chất lượng thông qua các hoạt động liên quan đến chứng nhận quốc tế, tập trung vào các vấn đề liên quan đến kinh tế xanh, nhằm phát triển thương hiệu và khả năng quảng bá sản phẩm thủy sản Việt Nam trên thị trường toàn cầu…
Ông Lê Bền, Phó Giám đốc Công ty TNHH Trí Tín (Nha Trang) – doanh nghiệp đầu tiên của Việt Nam di nhập nguồn rong giống từ Okinawa (Nhật Bản) về trồng thành công rong nho biển thương phẩm theo phương pháp tự nhiên tại các vùng biển sạch của Khánh Hòa cho rằng, phát triển ngành công nghiệp rong biển ở nước ta còn có nhiều tiềm năng lớn. Không chỉ có hiệu quả về kinh tế mà còn có ý nghĩa rất lớn về xã hội và bảo vệ môi trường, phù hợp với xu thế của thế giới đang chạy đua trước cuộc cách mạng xanh và công nghệ số hiện nay.