Chương trình tập trung vào 6 nhiệm vụ nội dung cấp bách. Trong đó, về bảo vệ nguồn lợi, sẽ tổ chức quản lý các khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản, khu vực cấm khai thác thủy sản có thời hạn, khu vực đường di cư tự nhiên của loài thủy sản; Xây dựng và tổ chức thực hiện một số biện pháp bảo vệ các loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm; Kiểm soát chặt chẽ hoạt động khai thác, gây nuôi, vận chuyển, mua bán tiêu thụ các loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm.
Cùng đó, điều chỉnh, cơ cấu lại các nghề khai thác thủy sản phù hợp với khả năng cho phép khai thác của nguồn lợi thủy sản theo hướng không phát triển và giảm dần một số loại nghề khai thác không thân thiện với nguồn lợi và môi trường, có tính chọn lọc thấp, khai thác thủy sản còn non ở vùng biển ven bờ và vùng nội địa.
Thực hiện tuần tra, kiểm tra, kiểm soát, ngăn chặn và xử lý kịp thời các hành vi vi phạm pháp luật về khai thác và bảo vệ nguồn lợi thủy sản; tăng cường xử lý hoạt động sử dụng xung điện, chất độc, chất nổ, nghề, ngư cụ khai thác có tính hủy diệt, tận diệt, khai thác loài thủy sản có kích thước nhỏ hơn quy định, khai thác, vận chuyển, mua bán tiêu thụ các loài nguy cấp, quý, hiếm…
Theo đánh giá của các chuyên gia, thực hiện tốt công tác bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản vì một ngành thủy sản xanh và phát triển bền vững, sẽ góp phần thực hiện thành công Nghị quyết số 36-NQ/TW của Ban Chấp hành Trung ương Đảng về Chiến lược phát triển bền vững kinh tế biển Việt Nam đến năm 2030 tầm nhìn đến năm 2045.