Theo đó, La Nina làm giảm nhiệt độ nước biển, có thể ảnh hưởng tiêu cực đến một số loài thủy sản nhạy cảm với nhiệt độ. Các loài này có thể gặp khó khăn trong việc sinh sản và phát triển. Ngoài ra, nhiệt độ nước biển giảm có thể tạo điều kiện cho sự phát triển của các loại vi sinh vật gây hại. Điều này có thể dẫn đến sự bùng phát bệnh tật trong các trại nuôi trồng thủy sản, gây thiệt hại cho người nuôi cá và các loài thủy sản khác. La Niña thường gây ra các hiện tượng thời tiết cực đoan như bão, mưa lớn và lũ lụt. Những hiện tượng này có thể gây hại cho các cơ sở nuôi trồng thủy sản, làm hư hại lồng bè, ao hồ và làm giảm sản lượng nuôi trồng và khai thác thủy sản.

Tuy nhiên, tại một số khu vực mà La Nina mang đến những nguồn nước lạnh giàu dinh dưỡng dâng lên từ dưới biển sâu, quá trình này gọi là hiện tượng trồi lên của nước biển (Upwelling), đặc biệt ở phía Đông Thái Bình Dương. Điều này thúc đẩy sự phát triển của sinh vật phù du, nguồn thức ăn quan trọng cho nhiều loài cá như cá cơm và cá mòi. Kết quả là năng suất khai thác cá có thể tăng lên. Các loài như tôm, mực và những sinh vật biển khác cũng có thể phát triển mạnh hơn nhờ môi trường dinh dưỡng phong phú, giúp tăng cường khả năng sinh sản và gia tăng quần thể. La Niña có thể ảnh hưởng đến các hệ sinh thái biển và làm thay đổi chuỗi thức ăn của các loài. Trong một đợt La Nina, các loài như sứa và tôm có thể phát triển mạnh mẽ hơn và ảnh hưởng đến môi trường sinh thái của khu vực.