Để ứng phó bão số 3, từ 6 giờ ngày 6/9, các tỉnh, thành phố Quảng Ninh, Hải Phòng, Thái Bình, Nam Định, Ninh Bình, Thanh Hóa, Nghệ An đã ban hành lệnh cấm biển.

Các lực lượng quân đội, công an, xung kích phòng chống thiên tai và người dân đã vào cuộc ứng phó với bão. Quân đội nhân dân Việt Nam huy động gần 458.000 cán bộ, chiến sĩ (bộ đội thường trực, dân quân tự vệ, dự bị động viên) và hơn 10.100 phương tiện các loại để ứng phó với bão số 3. Trong số này, có hơn 400 xe đặc chủng, hàng nghìn ô tô, tàu thuyền và 6 máy bay trực thăng. Các Quân khu 1, 2, 3, 4, 5; Bộ Tư lệnh Thủ đô Hà Nội đã hỗ trợ nhân dân chằng chống nhà cửa và di dời khỏi khu vực nguy hiểm.

Bộ Công an đã ban hành 3 Công điện và tổ chức họp trực tuyến để chỉ đạo các đơn vị trực thuộc Bộ và Công an 35 địa phương tập trung ứng phó khẩn cấp với bão số 3 và mưa lũ. Bộ đã huy động hơn 100.000 người tham gia trực, ứng trực phòng, chống bão số 3 và mưa, lũ.

Bộ trưởng Bộ NN&PTNT đã ban hành 2 Công điện, văn bản chỉ đạo sớm từ ngày 2/9 khi bão còn ở phía Đông Philippines. Chiều 4/9, Bộ trưởng Lê Minh Hoan đã họp trực tuyến với các Bộ, ngành và 11 tỉnh, thành phố ven biển. Ngày 6/9, trước khi bão đổ bộ, 2 đoàn công tác do Phó Thủ tướng Chính phủ và Bộ trưởng Bộ NN&PTNT đi kiểm tra, chỉ đạo tại 4 tỉnh ven biển từ Quảng Ninh đến Thái Bình. Ngày 7/9, Thủ tướng Chính phủ thành lập Ban Chỉ huy tiền phương tại Hải Phòng do Phó Thủ tướng Trần Hồng Hà trực tiếp chỉ đạo; Bộ trưởng Bộ NN&PTNT tiếp tục chỉ đạo tại Quảng Ninh.