Ngành thủy sản phát triển và thay đổi nhanh chóng với sự gia tăng các hệ thống nuôi nước ngọt, nước mặn bằng thức ăn ép đùn. Trong khi, bột cá trở thành vấn đề nóng của ngành thức ăn thủy sản bởi thế giới vẫn đang nỗ lực tìm kiếm nguồn protein bền vững có khả năng thay thế.
Nguồn protein động vật dồi dào nhất và có thể trở thành nguyên liệu thức ăn thủy sản chính là những nguồn protein trong ngành chăn nuôi gia súc, gia cầm; gồm sản phẩm phụ từ gia cầm, bột gia cầm, bột lông vũ, bột huyết, bột xương heo và sản phẩm phụ từ động vật nhai lại. Đây thực sự là nguồn protein vô tận. Ngoài những sản phẩm này, còn có nhiều loại bột protein thực vật có nguồn gốc từ các loại hạt có dầu, hạt ngũ cốc và các loại protein đậm đặc từ đậu Hà Lan, khoai tây, đậu lupin.
Có lẽ, nguồn protein tiềm năng và đáng chú ý nhất chính là nguồn protein vi sinh vật từ nguồn chất thải và chất nền trong ngành nông nghiệp chi phí thấp, gồm protein đơn bào (SCP), nấm men đơn bào, tảo đơn bào. Một nguồn protein là bột protein từ các loại động vật không xương sống (như côn trùng, giun nhiều tơ) cũng đang ngày càng được quan tâm. Thế nhưng chỉ trừ khi chúng ta sản xuất được hàng nghìn tấn sản phẩm này, thì chúng mới được coi là nguồn protein không giới hạn.
Tuy nhiên, dù là nguồn thức ăn nào, chúng đều có thể trở thành hiểm họa gây ra dịch bệnh nếu chất lượng không đảm bảo. Thời gian qua, dịch bệnh AHPND và EMS đã tàn phá các trang trại nuôi tôm. Nguồn thức ăn từ vật sống chưa qua tiệt trùng trong suốt chu kỳ nuôi tôm bố mẹ, tôm giống (gồm cả việc sử dụng các loại giun nhiều tơ sống, Artemia và sinh khối) và một lượng ít các loại thức ăn từ bột đầu tôm trong pha nuôi tăng trưởng đều tiềm ẩn hiểm họa dịch bệnh.
Thật tiếc chưa có nhiều quốc gia quản lý an toàn thức ăn chăn nuôi thủy sản bằng luật pháp, ví dụ như hệ thống quản lý sản xuất các loại thức ăn chăn nuôi tổng hợp. Do đó, việc làm thế nào để đảm bảo người nông dân tiếp cận được nguồn thức ăn chăn nuôi chất lượng, đáp ứng mọi tiêu chí dinh dưỡng của các vật nuôi trong khâu tăng trưởng và khỏe mạnh vẫn còn là vấn đề nan giải.
Để đảm bảo nguồn thức ăn không còn là mầm mống của dịch bệnh cho các trại thủy sản, chúng ta cần vạch ra những bước đi cụ thể cho chuỗi cung ứng thức ăn chăn nuôi. Để làm được việc này, có hai hướng khả thi. Trước tiên, những nguồn nguyên liệu thức ăn từ động vật hay thực phẩm sống khi bán ra thị trường buộc phải đảm bảo sạch bệnh hoặc được khử trùng trước khi vận chuyển. Thứ hai, nguồn thức ăn đó cũng phải được khử trùng trong suốt giai đoạn chế biến dù là chế biến bằng công nghệ ép đùn hay xạ chiếu tia gamma. Ngoài ra, việc cho vật nuôi ăn lại nguồn thức ăn chế biến từ chính nó (ví dụ dùng bột đầu tôm để nuôi tôm) nên bị cấm bằng cơ chế luật pháp cứng rắn; mục đích ngăn chặn sự xuất hiện dịch bệnh từ các nguồn thức ăn chế biến bằng vật nuôi nhiễm bệnh.