Do ảnh hưởng thời tiết nhiệt độ giữa ngày và đêm chênh lệch nên các loài ký sinh và mầm bệnh phát triển gây hại trên thủy sản nuôi.
Tại huyện Hồng Ngự có 19 ha ao nuôi thủy sản của 60 hộ nuôi cá lóc, cá tra, cá điêu hồng bị nhiễm các bệnh ký sinh trùng, xuất huyết, lồi mắt, thối mang, tập trung ở các xã Long Thuận, Thường Thới Tiền, ảnh hưởng đến sự phát triển của đàn thủy sản nuôi và sản lượng xuất bán. Tuy nhiên, khó khăn hiện nay là đa số các hộ nuôi cá tự điều trị bệnh, sử dụng kháng sinh điều trị không đúng liều lượng khuyến cáo của cán bộ thú y.