Mặc dù rủi ro cao, nuôi tôm vẫn phổ biến ở ĐBSCL nhờ tiềm năng thu nhập cao. Điều này đúng ở cấp độ quốc gia. Phương thức nuôi tôm hiện nay đang gây ra nhiều thách thức nghiêm trọng với môi trường. Nạn phá rừng, xói mòn, sụt lún đất nhanh và độ mặn tăng đang đe dọa tính ổn định của toàn vùng Mekong. Nuôi tôm là một trong những tác nhân chính của vấn đề này.
Chính phủ Việt Nam và nhiều tổ chức quốc tế vẫn đang hợp tác nhằm cải thiện phương thức nuôi tôm, đặc biệt chú trọng các hộ nuôi quy mô nhỏ. Tuy vậy, thực tế cho thấy phần lớn nông dân nuôi tôm tại Việt Nam đều ngại thay đổi.
Các trang trại thâm canh chiếm không tới 10% trên tổng số hơn 600.000 ha nuôi tôm nhưng lại đóng góp 80% tổng sản lượng tôm của cả nước. Phương thức nuôi tôm quảng canh cải tiến do các nông hộ thực hiện với chi phí đầu vào và sản lượng thấp hơn nhưng tốn diện tích hơn rất nhiều. Cả hai phương thức này đòi hỏi phải phá rừng ngập mặn trên diện rộng, cải tạo đất toàn diện và sử dụng nhiều thức ăn nhân tạo và hóa chất, nên cần có biện pháp cải thiện cả hai phương pháp này.
Trại tôm là một trong những nguyên nhân hàng đầu dẫn tới phá rừng và nguy cơ xói mòn cao. Nhiều bờ biển của Việt Nam dễ tổn thương do không được cây xanh bao phủ. Rừng ngập mặn ven biển sẽ biến mất hoàn toàn. Tất cả đất canh tác tôm sau dãy rừng này sẽ không thể ứng phó được với thiên tai và biến đổi khí hậu. ĐBSCL có thể biến mất hoàn toàn trong vòng 100 năm tới nếu không có biện pháp mạnh nào được áp dụng ngay từ bây giờ.
Một vấn đề lớn khác của những phương thức canh tác tôm này là sụt lún đất. Nhằm duy trì chất lượng nước và độ mặn của ao, nông dân liên tục bơm nước ngầm khiến cho mực nước sông Mekong giảm xuống. Từ đó, nước biển có điều kiện xâm nhập sâu vào khu vực đồng bằng, đe dọa nguồn cung thực phẩm của Việt Nam và nền kinh tế nói chung.
Một vấn đề nữa đối với các trang trại nuôi tôm là ô nhiễm. Hầu hết nông dân Việt Nam sử dụng nhiều hóa chất, thuốc và phụ gia để tôm khỏe. Đáng ngại, nhiều nông dân không nhận thức được tác hại do trại tôm của họ có thể gây ra. Điều này gây áp lực lớn trong công cuộc đổi mới ngành tôm của chính phủ. Thực tế, hiếm khi nông dân quy mô nhỏ thực hiện những thay đổi lớn trừ khi họ phải trải qua cú sốc cực mạnh. Do những khó khăn về kinh tế, rất nhiều nông dân nuôi tôm vẫn chọn cách thức thâm canh do năng suất cao hơn.
Phương thức nuôi tôm kết hợp có thể là giải pháp thực tế nhất cho cả môi trường ở khu vực ĐBSCL và ổn định tài chính dài hạn của các hộ quy mô nhỏ trong vùng; còn các trại nuôi tôm lớn thì phát triển theo hướng siêu thâm canh hoặc chuyển đổi sang nuôi tôm trong nhà kính. Ngành tôm là một trong những ngành công nghiệp lớn nhất Việt Nam nhưng nếu không thay đổi cách thức nuôi bền vững hơn, Việt Nam sẽ phải đối mặt nguy cơ mất trắng hàng nghìn ha đất.