Tính đến nay, diện tích nuôi trồng thuỷ sản của huyện Phú Tân trên 39.000 ha. Trong đó, diện tích nuôi tôm công nghiệp khoảng 2.200 ha với trên 3.200 hộ tham gia nuôi, năng suất bình quân đạt 5 – 7 tấn/ha; nuôi tôm theo hình thức quảng canh cải tiến với tổng diện tích 15.500 ha, với gần 13.000 hộ nuôi.
Huyện Phú Tân dự báo kinh tế thủy sản tiếp tục là khâu đột phá, là thế mạnh của địa phương. Tuy nhiên, diện tích nuôi tôm công nghiệp vẫn tiếp tục phát triển nhanh, tăng hơn 400 ha, xấp xỉ đạt kế hoạch năm, nhưng chưa có tính bền vững. Có trên 50 ha xảy ra dịch bệnh, trong khi giá tôm nguyên liệu liên tục giảm.