Thực hiện việc đăng ký đối tượng thủy sản nuôi chủ lực, đến nay, Chi cục Thủy sản tiến hành xem xét hồ sơ và cấp giấy xác nhận đối tượng thủy sản nuôi chủ lực cho 188 cơ sở nuôi tôm nước lợ, tập trung chủ yếu tại thị xã Ninh Hòa, huyện Vạn Ninh, TP. Cam Ranh. Toàn tỉnh vẫn còn hơn 1.120 cơ sở nuôi tôm nước lợ đã đăng ký nhưng chưa đủ điều kiện để cấp giấy xác nhận.
Hiện nay, việc đăng ký nuôi thủy sản lồng bè, nuôi đối tượng thủy sản chủ lực vẫn còn nhiều khó khăn, các hộ nuôi thủy sản tuy đã được hướng dẫn về hồ sơ, trình tự thủ tục nhưng có rất ít hộ nuôi thực hiện. Ngoài ra, ở nhiều vùng nuôi thủy sản nước lợ đang có sự chồng lấn với định hướng phát triển các ngành phi nông nghiệp nên diện tích nuôi tôm nước lợ ở các địa phương đang thu hẹp dần; chưa có quy hoạch chi tiết cho từng vùng nuôi ở các địa phương…