Khu bảo tồn được thành lập tại Quyết định số 336/QĐ-UBND ngày 3/2/2020 của UBND tỉnh Thừa Thiên – Huế, nhằm xây dựng Khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản để tăng cường công tác bảo vệ nơi cư trú, tập trung sinh sản, bãi giống, bãi đẻ thủy sản và tổ chức khai thác, sử dụng chung bền vững nguồn lợi thủy sản.
Nội dung bảo vệ: Nghiêm cấm hoàn toàn các hoạt động kinh tế làm ảnh hưởng đến nguồn lợi thủy sản tự nhiên và môi trường thủy sinh như khai thác thủy sản, nuôi trồng thủy sản; xây dựng các công trình sản xuất (kể cả công trình nhà ở), chăn thả gia súc, gia cầm vào vùng lõi bảo vệ.
Các hoạt động có điều kiện: Hoạt động khai thác thủy sản để nghiên cứu khoa học và hoạt động tiêu diệt thủy sản địch họa trong vùng lõi bảo vệ phải được sự chấp thuận của Chi cục Thủy sản theo quy định của pháp luật. Hoạt động giao thông thủy được phép qua lại vô hại nhưng không được dừng tàu thuyền trong vùng lõi bảo vệ. Hoạt động du lịch sinh thái được phép khi có sự giám sát của cộng đồng ngư dân địa phương.
Hoạt động trong vùng khai thác, sử dụng chung: Điều tra, nghiên cứu khoa học về loài thủy sản và môi trường sống của loài thủy sản; khai thác thủy sản, nuôi trồng thủy sản, du lịch giải trí gắn với hoạt động thủy sản theo quy định của pháp luật; tuần tra, kiểm soát việc thực thi pháp luật.
Chi cục Thủy sản có trách nhiệm điều phối quản lý Khu bảo vệ; kiểm tra, giám sát hoạt động của Chi hội Nghề cá Đội 16 – Vinh Phú (xã Phú Gia, huyện Phú Vang) dựa trên nguồn lực chương trình bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản và các nguồn lực hợp pháp khác. Chi hội Nghề cá Đội 16 – Vinh Phú, trực tiếp quản lý Khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản Cồn Chìm; chịu trách nhiệm bảo vệ, ngăn chặn các hành vi trái pháp luật gây hại vùng lõi bảo vệ và phối hợp với các cơ quan chức năng liên quan để xử lý; xây dựng quy chế quản lý, kế hoạch quản lý vùng khai thác – sử dụng chung, trình UBND xã Phú Gia phê chuẩn trước khi ban hành. Việc khai thác, nuôi trồng trong vùng khai thác, sử dụng chung không trái với các quy phạm pháp luật hiện hành và phù hợp với tình hình thực tế của địa phương. UBND huyện Phú Vang, UBND xã Phú Gia có trách nhiệm quản lý theo thẩm quyền chung về vùng lãnh thổ. Phòng NN&PTNT huyện Phú Vang phối hợp với Chi cục Thủy sản quản lý theo thẩm quyền chuyên môn.