Hiện nay, trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa có hơn 480 cơ sở sản xuất giống thủy sản các loại. Trong đó, có 375 trại sản xuất tôm giống, chiếm gần 80%; các cơ sở còn lại chủ yếu sản xuất giống ốc hương, tu hài, cá biển…
Trong số 375 trại sản xuất tôm giống, có 112 trại sản xuất tôm sú giống và 263 trại sản xuất tôm thẻ chân trắng giống. Được biết, nguồn tôm sú bố mẹ chủ yếu được khai thác từ tự nhiên. Những cơ sở sản xuất giống trên địa bàn chủ yếu mua tôm sú bố mẹ từ các tỉnh: Kiên Giang, Cà Mau, Bến Tre… Trong khi đó, nguồn tôm thẻ chân trắng bố mẹ chủ yếu được nhập từ nước ngoài.
Hiện nay, trên địa bàn tỉnh có 2 cơ sở thuộc Viện Nghiên cứu nuôi trồng thủy sản III được phép nuôi gia hóa đàn tôm thẻ chân trắng bố mẹ F1-VN phục vụ cho công tác nghiên cứu và chuyển giao công nghệ, đó là Trung tâm Tư vấn sản xuất – Dịch vụ khoa học công nghệ thủy sản và Trung tâm Quốc gia giống hải sản miền Trung.