Kiến nghị tháo gỡ vướng mắc về thuế cho doanh nghiệp thủy sản

Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP) vừa Công văn số 152/CV-VASEP gửi Bộ Tài chính, Cục Thuế và Cục Hải quan, phản ánh một số bất cập, vướng mắc lớn về thuế và kiến nghị giải pháp tháo gỡ cho doanh nghiệp chế biến, xuất khẩu thủy sản.

Khoanh đúng phần rủi ro khi hoàn thuế

Đối với doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản, thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào lớn và nhu cầu hoàn thuế phát sinh thường xuyên. Theo Hiệp hội VASEP, trước khi có Công văn 6936/CT-QLTT ngày 18/9/2026 về việc thực hiện thống nhất xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT theo nguyên tắc quản lý rủi ro, có trường hợp hồ sơ hoàn thuế bị kéo dài do hệ thống cảnh báo rủi ro tại một số hóa đơn hoặc nhà cung cấp F2, F3, trong khi cả những giao dịch không có dấu hiệu rủi ro cũng phải chờ xác minh.

VASEP nhấn mạnh, Công văn 6936 đã làm rõ nguyên tắc quan trọng, lấy cảnh báo rủi ro là căn cứ để phân loại, xác minh, không đồng nghĩa giao dịch không có thật. Nếu chỉ một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro thì cần khoanh đúng phần đó để kiểm tra; phần còn lại nếu đủ điều kiện cần tiếp tục được giải quyết.

Vì vậy, Hiệp hội VASEP kiến nghị nguyên tắc này được áp dụng thống nhất trên toàn quốc, đồng thời xử lý các hồ sơ còn tồn đọng. Đồng thời đề nghị không chỉ dựa vào cảnh báo F2, F3 hoặc việc nhà cung cấp thay đổi trạng thái sau giao dịch để tự động bác hoàn hoặc thu hồi thuế. Cùng với đó, VASEP cũng đề nghị làm rõ là quyền hoàn thuế đối với nguyên liệu nhập khẩu theo loại hình A11/A12, sau đó thực tế được đưa vào sản xuất và xuất khẩu theo B11.

Theo Hiệp hội VASEP, việc xem xét cần căn cứ vào bản chất sử dụng hàng hóa và hồ sơ chứng minh, thay vì chỉ dựa vào sự khác biệt về mã loại hình.

Nhiều doanh nghiệp chế biến, xuất khẩu thủy sản đang gặp khó về vấn đề thuế. Nguồn: CTV

Cùng sản phẩm, khác cách tính thuế

Theo VASEP, doanh nghiệp phản ánh cùng một sản phẩm như tôm, cá, mực, nghêu đông lạnh nhưng có thể được cơ quan thuế tại các địa phương hướng dẫn khác nhau, tùy nguồn hàng tự nuôi hay mua ngoài, mức độ sơ chế hoặc chế biến, chủ thể bán và khâu lưu thông. Có trường hợp sản phẩm được xác định thuộc đối tượng không chịu thuế; nơi khác áp dụng trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế; hoặc hướng dẫn lập hóa đơn với thuế suất 8% hoặc 10%.

VASEP nêu thực tế cơ quan thuế quản lý bên bán chấp nhận hóa đơn có thuế và bên bán đã kê khai, nộp thuế, nhưng cơ quan thuế quản lý bên mua lại xác định hàng hóa thuộc trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế. Hệ quả là doanh nghiệp mua không được chấp nhận khấu trừ hoặc hoàn thuế đầu vào, dù đã thanh toán đầy đủ tiền hàng và tiền thuế cho bên bán.

Theo Hiệp hội, sự thiếu thống nhất này không chỉ làm phát sinh tranh chấp mà còn khiến doanh nghiệp khó xác định chính sách thuế trước khi ký hợp đồng và lập hóa đơn. Trong khi đó, biên lợi nhuận của nhiều đơn hàng thủy sản chỉ khoảng 3 – 5%. Nếu phải tự gánh thêm khoản thuế GTGT 8% hoặc 10% không được khấu trừ, hoàn thuế, giao dịch có thể không còn hiệu quả, kéo theo nguy cơ dừng mua nguyên liệu, thiếu hàng giao, hủy đơn hàng hoặc mất khách hàng.

Chính vì thế, VASEP kiến nghị Bộ Tài chính, Cục Thuế ban hành hướng dẫn áp dụng thống nhất trên toàn quốc, làm rõ cách xử lý theo chủ thể bán, nguồn hàng, mức độ sơ chế, chế biến, khâu lưu thông và đối tượng mua.

Hiệp hội cũng đề xuất xây dựng phụ lục hoặc bảng hướng dẫn tra cứu theo nhóm sản phẩm và quy trình sản xuất, với các ví dụ cụ thể đối với tôm, cá, mực, nghêu ở dạng tươi sống, đông lạnh, hấp, luộc và các công đoạn sơ chế phổ biến. Qua đó, doanh nghiệp, bên mua, bên bán và cơ quan thuế có cùng căn cứ để lập hóa đơn, kê khai, khấu trừ và hoàn thuế.

Gỡ điểm nghẽn “sơ chế” và “chế biến”

Một vướng mắc có tính nền tảng khác được VASEP đề cập là việc xác định “sơ chế thủy sản” và “chế biến thủy sản”, kéo theo cách áp dụng thuế GTGT và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN).

Theo Hiệp hội, cùng một quy trình gồm làm sạch, bỏ đầu, lấy ruột, bóc vỏ, cắt, fillet, cấp đông, mạ băng, đóng gói có thể được xem là “sơ chế thông thường” khi áp dụng thuế GTGT nhưng lại được xác định là “chế biến” khi xem xét ngành nghề, hoạt động và ưu đãi thuế TNDN. Điều này khiến doanh nghiệp khó xác định trước nghĩa vụ thuế và điều kiện hưởng ưu đãi.

VASEP dẫn Quyết định số 36/2025/QĐ-TTg ngày 29/9/2025 của Thủ tướng Chính phủ, trong đó ngành 1020 được xác định là “Chế biến, bảo quản thủy sản và các sản phẩm từ thủy sản”, bao gồm nhiều hoạt động như làm lạnh, sấy khô, hun khói, ướp muối, đóng gói, sản xuất sản phẩm cá, tôm; trong đó có cả bỏ đầu cá, lấy ruột, cắt cá thành từng miếng rồi đông lạnh. Tuy nhiên, Hiệp hội lưu ý đây là văn bản phân ngành kinh tế, không trực tiếp quy định đối tượng chịu thuế hay điều kiện ưu đãi thuế.

Do đó, VASEP kiến nghị Bộ Tài chính, Cục Thuế ban hành hướng dẫn thống nhất, tách rõ hai tầng là xác định bản chất hoạt động, ngành nghề theo Hệ thống ngành kinh tế Việt Nam và xác định chế độ thuế theo tiêu chí riêng của pháp luật về thuế GTGT, thuế TNDN.

Ngoài ra, Hiệp hội cũng đề nghị việc phân loại sản phẩm để áp dụng thuế GTGT không đồng nghĩa với việc toàn bộ hoạt động sản xuất của doanh nghiệp phải được xác định tương ứng là sơ chế hoặc chế biến để áp dụng thuế TNDN. Việc xác định cần xem xét bản chất quy trình sản xuất, ngành nghề kinh tế và các điều kiện ưu đãi theo quy định.

Đối với hoạt động gia công, VASEP cho biết có trường hợp doanh nghiệp nhận nguyên liệu từ bên đặt gia công, trực tiếp fillet, cắt, cấp đông rồi giao lại thành phẩm nhưng từng thời kỳ lại được xác định khác nhau do doanh nghiệp không sở hữu nguyên liệu. Hiệp hội đề nghị không coi việc không sở hữu nguyên liệu là căn cứ duy nhất để loại khỏi hoạt động chế biến.

Với bột cá, mỡ cá và các sản phẩm từ phụ phẩm thủy sản, VASEP cũng kiến nghị hướng dẫn rõ ranh giới giữa các nhóm ngành 1020, 10401, 1080 và các nhóm liên quan; việc phân loại cần dựa trên bản chất sản phẩm, quy trình cụ thể, không chỉ dựa vào tên gọi “phụ phẩm” hoặc đối tượng mua hàng.

Từ các vướng mắc trên, VASEP đề nghị cơ quan quản lý tiếp tục rà soát, thống nhất hướng dẫn để doanh nghiệp có thể xác định trước chính sách thuế và điều kiện ưu đãi, hạn chế cách hiểu khác nhau trong quá trình thực thi. Đây được xem là cơ sở quan trọng để doanh nghiệp thủy sản chủ động hơn về chi phí, dòng tiền và kế hoạch sản xuất, kinh doanh.

Phạm Thu