Đối tượng nhuyễn thể đang được phát triển nuôi chủ yếu là ngao (nghêu Bến Tre), hàu Thái Bình Dương, tu hài, ốc hương, vẹm xanh, sò huyết… Đây là những đối tượng đã có công nghệ sản xuất giống.
Nuôi nghêu đang phát triển rất mạnh ở các tỉnh ven biển phía Nam
Nghêu, ngao
Nuôi nghêu Bến Tre đang phát triển rất mạnh ở các tỉnh ven biển phía Nam, nhất là Bến Tre, Cà Mau, Tiền Giang, Bạc Liêu, Kiên Giang và một số tỉnh ven biển phía Bắc như Thái Bình, Nam Định. Nguồn con giống cung cấp chủ yếu từ khai thác tự nhiên. Nhiều địa phương như Tiền Giang, Bến Tre, Cà Mau, Trà Vinh đã thực hiện được quy chế quản lý bãi nghêu giống. Lượng ngao, nghêu giống cỡ nhỏ (nghêu cám) tự nhiên của Tiền Giang, Bến Tre, Cà Mau cung cấp cho các địa phương phía Bắc đã hình thành nghề ương nghêu giống trong ao ở Thái Bình, Nam Định, mang lại hiệu quả cao và góp phần tích cực cho việc giải quyết giống nuôi. Hiện nay, một số địa phương đang tiếp nhận công nghệ sản xuất giống nghêu từ các viện nghiên cứu bước đầu khá tốt như Tiền Giang, Bến Tre, Thái Bình, Nam Định.
Ốc hương
Ốc hương được nuôi ở các tỉnh ven biển miền Trung và giống được sản xuất chủ yếu ở các tỉnh Khánh Hòa, Thừa Thiên – Huế, Phú Yên và Ninh Thuận. Nhu cầu mỗi năm khoảng trên 10 – 20 triệu giống và tăng dần vì phần lớn diện tích ao nuôi tôm không hiệu quả ở vùng ven biển đã chuyển sang nuôi ốc hương. Tuy nhiên, sản xuất giống ốc hương chưa được quan tâm kiểm soát, chưa có tiêu chuẩn chất lượng.
Sò huyết
Nuôi sò huyết phát triển khá mạnh ở vùng ĐBSCL, tuy vậy con giống vẫn hoàn toàn phụ thuộc vào khai thác tự nhiên, chưa sản xuất giống nhân tạo. Một số vùng nuôi cũng bắt đầu khoanh vùng bảo vệ các bãi sò huyết phân bố tự nhiên, cấm khai thác trong mùa sinh sản như Cà Mau, Bạc Liêu, Sóc Trăng, Phú Yên, Bình Định.
Trai ngọc
Trai ngọc được phát triển nuôi ở vùng biển Đông Bắc (Quảng Ninh, Hải Phòng) và đang được phát triển nuôi ở Kiên Giang do những công ty có vốn đầu tư lớn nuôi với mục đích cấy ngọc. Do nuôi ở vùng biển xa, đầu tư lớn, thị trường tiêu thụ hẹp có tính chất chuyên sâu nên mức độ nuôi còn rất hạn chế, con giống nuôi do các công ty nuôi tự sản xuất giống.
Tu hài
Nuôi tu hài phát triển mạnh ở vùng vịnh Bái Tử Long (Vân Đồn, Quảng Ninh) và đang nuôi ở một số tỉnh ven biển miền Trung. Hiện nay, sản xuất giống đã hoàn thiện công nghệ và chủ động cung cấp đủ giống, đáp ứng nhu cầu.
Hàu Thái Bình Dương
Nuôi hàu đang được phát triển ở nhiều địa phương ven biển và có triển vọng khả quan về thị trường tiêu thụ. Vùng nuôi tập trung nhất ở Quảng Ninh. Hiện đã sản xuất được giống bằng sinh sản nhân tạo nhưng số lượng chưa nhiều. Công nghệ sản xuất giống hầu tam bội được Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản III nhập và đang triển khai ứng dụng sẽ góp phần tạo được giống có chất lượng và chủ động sản xuất giống cho nhu cầu nuôi.