Theo Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP), khép lại năm 2012, Việt Nam có 93 lô thủy sản xuất khẩu sang thị trường Nhật Bản bị cảnh báo chất lượng, giảm gần 35% với với 143 lô của năm trước, trong đó 79,5% là sản phẩm tôm, khoảng 8,5% là nhuyễn thể, còn lại là thủy sản khác.
Dù tôm là mặt hàng bị cảnh báo chất lượng nhiều trong năm qua nhưng sản phẩm này đã có sự cải thiện chất lượng rõ rệt nhất. Theo cảnh báo của Bộ Y tế Nhật Bản, cả năm 2012, Việt Nam bị cảnh báo 74 lô tôm, giảm gần 34% so với 112 lô của năm 2011, trong đó tôm nhiễm Enrofloxacin là một trong những vướng mắc lớn nhất của các nhà chế biến tôm xuất khẩu sang Nhật.
Trong tháng 1/2012, tôm nhiễm Enrofloxacin năm ở mức cao nhất 13 lô, sau đó giảm xuống còn 6 lô trong tháng 2. Đến khi Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cấm sử dụng Enrofloxacin trong sản xuất và kinh doanh thủy sản từ 01/03/2012, các doanh nghiệp có cơ hội nâng chất lượng sản phẩm và kết quả là chỉ có 1 lô tôm nhiễm chất này, các tháng tiếp theo chỉ có từ 1 – 2 lô bị cơ quan thẩm quyền Nhật Bản cảnh báo chất lượng.
Năm 2012, Việt Nam đã ổn định việc kiểm soát thủy sản nhiễm Trifuralin nên có đến 8 tháng của năm 2012 không có phát hiện lô hàng nào bị nhiễm chất này. Trong năm 2012, Nhật Bản chỉ thống kê được 4 lô thủy sản Việt Nam tồn dư Trifuralin, giảm 87,5% so với 32 lô của năm 2011. Năm 2012 có 13 lô hàng xuất sang Nhật Bản nhiễm Cloramphenicol, tăng nhẹ so với 12 lô của năm trước. Ngoài ra, vẫn còn một số lô hàng tồn dư Furazolidone, nhiễm khuẩn E.coli hoặc không đảm bảo điều kiện vệ sinh trong chế biến bảo quản.
Cũng trong năm qua, Việt Nam có 8 lô nhuyễn thể bị Nhật cảnh báo, giảm 46,6% so với 15 lô của năm trước, chủ yếu do nhiễm khuẩn và tồn dư Cloramphenicol.
Từ ngày 18/5/2012, cơ quan quản lý Nhật Bản thực hiện kiểm tra Ethoxyquin đối với 30% số tôm nhập khẩu từ Việt Nam với mức cho phép 0,01 ppm và từ 31/8 kiểm tra toàn bộ tôm nhập khẩu từ Việt Nam. Tháng 6/2012, Nhật Bản phát hiện tồn dư Ethoxyquin trong 1 lô tôm nhập khẩu từ Việt Nam với hàm lượng 0,06ppm. Số lô bị cảnh báo nhiễm chất này tiếp tục tăng đến 7 lô trong tháng 9 và giảm còn 3 lô trong tháng cuối năm. Nếu tính cả năm 2012, Nhật Bản đã cảnh báo 18 lô tôm Việt Nam nhiễm Ethoxyquin vượt mức cho phép.
Bước sang năm 2013, rào cản Ethoxyquin tại thị trường Nhật Bản vẫn là nỗi lo lớn nhất của các doanh nghiệp chế biến tôm xuất khẩu sang thị trường này. Nếu cơ quan chức quản lý không có biện pháp quản lý hiệu quả việc sử dụng Ethoxyquin trong thức ăn nuôi tôm, dẫn đến việc tồn dư dư lượng Ethoxyquin trong tôm nguyên liệu thì nguy cơ ngành tôm Việt Nam mất dần thị phần tại Nhật Bản là rất cao.
Theo số liệu của Tổng cục Hải quan Việt Nam, năm 2012, Nhật Bản là thị trường tiêu thụ thủy sản lớn thứ 3 của Việt Nam sau Mỹ và EU. Tính đến 15/12/2012, giá trị xuất khẩu thủy sản Việt Nam sang Nhật Bản đạt 1.050,811 USD, tăng 17,2% so với cùng kỳ năm trước.