Từ ngày 31/3/2012 – 6/4/2012, đoàn công tác Tổng cục Thủy sản do ông Nguyễn Viết Mạnh – Vụ trưởng Vụ Khoa học công nghệ và Hợp tác quốc tế dẫn đầu đã tham dự cuộc họp Hội đồng Giám đốc SEAFDEC lần thứ 45 tổ chức tại Cebu, Philippin. Cuộc họp có sự tham gia đầy đủ của Tổng Thư ký SEAFDEC, Phó Tổng Thư ký, Trưởng các Phòng, Ban của SEAFDEC, đại diện của FAO và Giám đốc Hội đồng/Giám đốc dự khuyết của 10 nước thành viên. Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp Philippin đã đến chủ trì cuộc họp.
Cuộc họp Hội đồng Giám đốc SEAFDEC là cuộc họp cấp cao nhất của SEAFDEC được tổ chức vào tháng 4 hàng năm nhằm đánh giá kết quả các chương trình/dự án/hoạt động trong năm qua, thông qua các kế hoạch, hoạt động cho năm tới, thảo luận về cơ chế hoạt động trong tương lai của SEAFDEC và thảo luận các vấn đề quan tâm chung trong khu vực.
Tại Cuộc họp này, ngoài những nội dung đánh giá kết quả các chương trình/hoạt động trong năm 2012, kế hoạch năm 2013; các thành viên còn thảo luận về các nội dung về bổ sung, kiện toàn bộ máy tổ chức, chức năng, nhiệm vụ của SEAFDEC nhằm đáp ứng được yêu cầu phát triển trong khu vực, và việc tăng niên liễm cho SEAFDEC.
Sau khi nghe báo cáo của Tổng thư ký SEAFDEC về các hoạt động đã triển khai trong năm 2012, Hội đồng Giám đốc SEAFDEC đã đánh giá cao nỗ lực của SEAFDEC trong năm qua, đồng thời trong thời gian tới nên tập trung vào các nội dung: biến đổi khí hậu, hỗ trợ các nước thành viên giải quyết các thách thức đối với các nội dung quản lý nghề cá đang được thế giới quan tâm, triển khai cơ sở dữ liệu tầu cá trên 24m, cơ chế điều phối chung trong khu vực về các vấn đề thương mại quốc tế, hợp tác khu vực về quản lý cá ngừ, quản lý buôn bán cá rạn san hô và triển khai Cơ chế chứng nhận ASEAN trong khai thác thuỷ sản.
Tại Cuộc họp, đoàn Việt Nam đã khẳng định việc mong muốn tiếp tục sử dụng tàu M.V.SEAFDEC 2 trong giai đoạn 2012-2015 phục vụ cho việc triển khai đề án 47 về điều tra nguồn lợi hải sản trong vùng biển Việt Nam, tuy nhiên do kinh phí hạn chế nên trong năm 2013 Việt Nam sẽ không sử dụng tàu M.V.SEAFDEC 2, nhưng sẽ có thể sử dụng cho kế hoạch năm 2014. Cuộc họp cũng thảo luận về đề nghị của SEAFDEC trong việc sửa đổi cơ chế chia sẻ kinh phí giữ các nước thành viên trong việc sử dụng tàu M.V.SEAFDEC 2, qua đó các nước thành viên thống nhất giữ nguyên cơ chế cũ, việc chi trả cho thuỷ thủ đoàn sẽ tiếp tục do SEAFDEC chịu trách nhiệm, và đồng ý việc có thể chia sẻ một số dữ liệu thô về hải dương học .
Về việc tăng niên liễm, SEAFDEC đã tổ chức 1 cuộc họp kín với Giám đốc Hội đồng của các nước để thảo luận về việc tăng niên liễm cho SEAFDEC. Cho đến nay hầu hết các nước đã đồng ý tăng niên liễm về mặt nguyên tắc, chỉ trừ Indonesia, hiện đang gặp khó khăn với Bộ Ngoại giao do mức tăng niên liễm của Indonesia quá cao. Cuộc họp cũng thống nhất là các nước thành viên sẽ tiếp tục làm việc với các cơ quan chức năng, tìm kiếm sự đồng thuận để có thể nộp niễn liễm với mức mới cho SEAFDEC từ năm 2013. Theo mức mới này Việt Nam sẽ tăng từ 14.000 USD (mức đóng hiện nay) lên 26.000 USD/năm.
Về các nội dung liên quan đến hướng dẫn thành lập các Trung tâm hợp tác SEAFDEC, sửa đổi chức năng nhiệm của các Ban của SEAFDEC, thông qua báo cáo của đoàn đánh giá lần 3, do cuộc họp còn có nhiều ý kiến khác nhau, nên Hội đồng giám đốc SEAFDEC đã đồng ý cần thiết phải tổ chức 1 cuộc họp Giám đốc Hội đồng SEAFDEC đặc biệt vào tháng 10/2013 để thống nhất các nội dung trên. Hội đồng SEAFDEC đồng thuận việc thành lập Trung tâm khu vực về quản lý thuỷ sản nội đồng tại Indonesia.