Phú Yên là một trong những tỉnh phát triển mạnh nghề nuôi trồng thủy sản, quá trình kiểm soát dư lượng các chất độc hại trên sản phẩm và thủy sản nuôi được tiến hành từ năm 2006. Tuy nhiên, để an toàn cho người tiêu dùng, các cơ quan chức năng ở Phú Yên cần tăng cường kiểm soát việc phân phối, sử dụng các sản phẩm thuốc thú y tại cơ sở kinh doanh thuốc thú y, cơ sở nuôi thủy sản, tăng cường chế tài xử lý các cơ sở lạm dụng hóa chất, kháng sinh cấm…
Trong những năm qua, ngành thủy sản Việt Nam đã có những bước phát triển mạnh mẽ và trở thành một trong 10 nước xuất khẩu thủy sản hàng đầu trên thế giới với kim ngạch xuất khẩu trên 4 tỉ USD/năm. Hiện tại, sản lượng thủy sản nuôi đã chiếm trên 40% tổng sản lượng thủy sản và dự kiến tỉ lệ này sẽ ngày càng tăng trong thời gian tới. Sản xuất và xuất khẩu càng tăng thì thách thức càng lớn vì đối với thực phẩm nói chung, thủy sản nói riêng yêu cầu rất quan trọng là sản phẩm phải đảm bảo an toàn cho sức khỏe người tiêu dùng. Cụ thể trong thực phẩm thủy sản không chứa các mối nguy như: Mối nguy vật lý (bao gồm những vật cứng, sắc, nhọn, có thể gây thương tích cho hệ tiêu hóa của người tiêu dùng), mối nguy sinh học (bao gồm các loại ký sinh trùng, nấm, virút, các loại vi khuẩn gây bệnh), mối nguy hóa học (các hóa chất độc hại trong thực phẩm có thể gây hại đến sức khỏe người tiêu dùng).
Phú Yên với bờ biển dài 189km được xem là một lợi thế không nhỏ để phát triển nghề nuôi tôm thẻ chân trắng, quá trình kiểm soát dư lượng được tiến hành từ năm 2006. Qua 5 năm thực hiện chương trình, bình quân mỗi năm lấy từ 70-100 mẫu kiểm tra các chất độc hại trong thủy sản nuôi, đặc biệt là tôm thẻ chân trắng với kết quả đạt trên 90%, đó chính là dấu hiệu đáng mừng cho nghề nuôi tôm tại Phú Yên. Nhưng hiện nay đáng lo là tập quán nuôi thâm canh không xử lý chất thải trong quá trình nuôi mà chủ yếu thải trực tiếp ra biển đang gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng, tạo điều kiện thuận lợi cho các loài ký sinh trùng, nấm, virút, các loại vi khuẩn gây bệnh phát triển. Theo đánh giá của Trung tâm Chất lượng Nông lâm sản và thủy sản Vùng 3 (Cục Quản lý chất lượng Nông lâm sản và thủy sản), chương trình kiểm soát dư lượng hóa chất độc hại trong thủy sản nuôi do Chi cục Quản lý chất lượng Nông lâm sản và thủy sản tỉnh Phú Yên đã và đang được triển khai đầy đủ, đáp ứng các quy định của Cục Quản lý chất lượng Nông lâm sản và thủy sản.
Việc sử dụng các loại hóa chất xử lý, bảo quản thức ăn trong quá trình nuôi cũng là những nhân tố tác động đến sự phát triển của đàn tôm. Đây chính là những nguy cơ hóa học nguy hiểm ảnh hưởng đến sức khỏe người tiêu dùng, cụ thể trong quá trình phát triển theo từng giai đoạn thịt thủy sản nuôi có thể bị nhiễm các loại hóa chất độc hại (dư lượng kim loại nặng, thuốc bảo vệ thực vật, dư lượng kháng sinh bị cấm hoặc hạn chế sử dụng…). Kiểm soát dư lượng các chất độc hại trên tôm thẻ chân trắng tại Phú Yên thông qua Quy chế kiểm soát dư lượng các chất độc hại trong động vật và sản phẩm động vật thủy sản nuôi, ban hành kèm theo Quyết định số 130/2008/QĐ-BNN ngày 31/12/2008 của Bộ trưởng Bộ NN-PTNT, góp phần không nhỏ đến việc xuất khẩu mặt hàng thủy sản vào các thị trường lớn như Mỹ, châu Âu… Các cơ quan chức năng ở Phú Yên cần tăng cường kiểm soát việc phân phối, sử dụng các sản phẩm thuốc thú y tại cơ sở kinh doanh thuốc thú y, cơ sở nuôi thủy sản, tăng cường chế tài xử lý các cơ sở lạm dụng hóa chất, kháng sinh cấm; cần bổ sung kiểm soát các nhóm chất và chỉ tiêu có khả năng bị lạm dụng vào chương trình kiểm soát dư lượng các chất độc hại trong động vật và sản phẩm động vật thủy sản nuôi.
Để kịp thời cập nhật các quy định mới và có căn cứ thống nhất trong thực hiện nhằm đảm bảo hiệu quả của chương trình, Cục Quản lý chất lượng Nông lâm sản và thủy sản đã tổ chức sửa đổi, bổ sung Quy chế kiểm soát dư lượng các chất độc hại trong động vật và sản phẩm động vật thủy sản nuôi ban hành kèm theo Quyết định số 130/2008/QĐ-BNN ngày 31/12/2008 của Bộ trưởng Bộ NN-PTNT. Ngoài ra Cục Quản lý chất lượng Nông lâm sản và thủy sản còn yêu cầu các doanh nghiệp chế biến thủy sản xuất khẩu vào thị trường EU chủ động cung cấp cho Trung tâm Chất lượng Nông lâm sản và thủy sản Vùng 3 và Chi cục Quản lý chất lượng Nông lâm sản và thủy sản tỉnh Phú Yên kết quả tự kiểm tra của doanh nghiệp. Trường hợp phát hiện mẫu nguyên liệu thủy sản nhiễm hóa chất kháng sinh không được phép sử dụng, doanh nghiệp cần kịp thời cung cấp thông tin tới các cơ quan trên và phối hợp thực hiện truy xuất đến các đại lý, cơ sở nuôi cung cấp nguyên liệu cho doanh nghiệp. Các doanh nghiệp cần chủ động bổ sung kiểm soát các mối nguy về dư lượng hóa chất độc hại vào kế hoạch HACCP của doanh nghiệp dựa trên cảnh báo của cơ quan thẩm quyền và thông tin về việc lạm dụng các hóa chất độc hại trong nuôi trồng thủy sản tại địa phương.