Năm 2013, TP Cần Thơ duy trì diện tích nuôi thủy sản khoảng 14.000ha, giảm 800ha so với năm 2012, sản lượng dự kiến đạt 200.000 tấn, tăng 6.150 tấn so với năm 2012. Trong đó, diện tích nuôi cá 13.940ha, sản lượng dự kiến 194.940 tấn; nuôi tôm 60ha, sản lượng 60 tấn và hoạt động đánh bắt có khả năng lên đến 5.000 tấn.
Nuôi cá tra xuất khẩu tại Hợp tác xã Thủy sản Thới An, quận Ô Môn.
Theo nhận định của các chuyên gia, năm 2013, xuất khẩu thủy sản tiếp tục gặp khó khăn, do vậy không nên tăng thêm diện tích nuôi mà nên tập trung cải thiện chất lượng sản phẩm thủy sản. Xác định con cá tra là đối tượng xuất khẩu chính, Chi Cục Thủy sản TP Cần Thơ khuyến khích người nuôi tổ chức sản xuất theo hướng hình thành mô hình liên kết bao gồm: người nuôi, doanh nghiệp chế biến, ngân hàng và các dịch vụ thủy sản. Đây là giải pháp căn cơ nhằm áp dụng triệt để quy trình tiên tiến, các tiến bộ khoa học kỹ thuật vào sản xuất tạo ra sản phẩm chất lượng đáp ứng nhu cầu thị trường và hài hòa lợi ích giữa các khâu nuôi, thu mua, chế biến và xuất khẩu. Về phía thành phố sẽ đẩy mạnh thực hiện các dự án đầu tư cơ sở hạ tầng như: khu sản xuất giống thủy sản tập trung, xây dựng hệ thống giống cấp I theo tiêu chí hệ thống giống quốc gia; khuyến khích các thành phần kinh tế tham gia vào lĩnh vực sản xuất con giống chất lượng đáp ứng nhu cầu người nuôi; phối hợp triển khai thực hiện Quy hoạch Trung tâm nghề cá ĐBSCL… Ngoài ra, thành phố thường xuyên mở lớp tập huấn về kỹ thuật sản xuất thủy sản đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm theo các tiêu chuẩn mới như: VietGAP, GlobalGAP, SQF 1000CM, ASC…