Hiện môi trường nước nhiều vùng nuôi trồng thủy sản trên địa bàn tỉnh Phú Yên chưa ổn định, có vùng môi trường nước bất lợi cho thủy sản nuôi. Tình hình dịch bệnh trên thủy sản nuôi đang diễn biến phức tạp, người nuôi cần tăng cường chăm sóc các đối tượng thủy sản nuôi.
Theo Trung tâm Giống và Kỹ thuật thủy sản (Sở NN-PTNT Phú Yên), hiện các vùng nuôi trồng thủy sản ở TX Sông Cầu, tất cả các chỉ tiêu thủy lý, thủy hóa tại các điểm quan trắc đều nằm trong ngưỡng cho phép. Phân tích vi sinh cho thấy hầu hết các điểm nuôi tôm hùm có mật độ vi khuẩn vibrio cao, tổng số vi khuẩn hiếu khí cũng ổn định và nằm ở mức thấp. Ở vùng nuôi Phú Dương (xã Xuân Thịnh) chỉ số vibrio phát triển rất mạnh vượt mức cho phép 1,5 lần. Tại các vùng nuôi ở Tuy An, các chỉ tiêu thủy lý, thủy hóa tại các điểm quan trắc đều trong ngưỡng cho phép, riêng chỉ tiêu độ mặn tại vùng nuôi xã An Cư thấp (4‰) do nguồn nước ngọt từ thượng lưu đổ vào đầm. PO4 tại xã An Hòa cao hơn ngưỡng cho phép vì khu vực đang thu hoạch tôm nên chất thải từ các ao ra môi trường làm cho PO4 tăng cao; PO4 tại An Cư tăng cao do chất thải sinh hoạt và chất thải của vùng thượng lưu đổ vào khu vực này. Các vùng nuôi trồng thủy sản ở Đông Hòa, chỉ số vibrio dao động từ 1,55.102-14,25.102 CFU/ml. Tại vùng nuôi Vũng Tàu (xã Hòa Hiệp Nam), chỉ số vibrio vượt ngưỡng gấp 1,4 lần mức cho phép và chỉ số vi khuẩn hiếu khí dao động nhưng thấp hơn ngưỡng cho phép, chỉ số Fe tăng cao so với ngưỡng cho phép do ảnh hưởng của việc các ao hồ sử dụng nguồn nước giếng khoan, chỉ số DO thấp có thể do hàm lượng chất lơ lửng trong nước cao, quá trình trao đổi chất diễn ra mạnh vào ban ngày nên hàm lượng DO xuống thấp vào ban đêm.
Ông Lê Quang Hiệp, Phó giám đốc phụ trách Trung tâm Giống và Kỹ thuật thủy sản, khuyến cáo: Bệnh trên tôm hùm và cá mú ở TX Sông Cầu, người nuôi cần chú ý quản lý lồng bè nuôi, thức ăn cho tôm phải tươi và rửa sạch, xác tôm chết, thức ăn thừa phải tiêu hủy hợp lý, mật độ lồng nuôi tôm hùm không nên quá dày nhằm hạn chế dịch bệnh. Việc sử dụng các loại thuốc bổ và thuốc phòng trị bệnh tại các hộ nuôi tôm hùm cần phải tham khảo quy trình điều trị đã được công bố và cơ quan quản lý chuyên ngành để phòng ngừa bệnh trên tôm hùm, cá mú đạt được hiệu quả cao. Các cơ quan chức năng và chính quyền địa phương cần tuyên truyền nhằm nâng cao ý thức bảo vệ môi trường đến các hộ nuôi cá, thu gom cá chết tiêu hủy đúng quy định. Các điểm nuôi quanh đầm Ô Loan nuôi theo dạng hồ hở cần phải chuyển đổi đối tượng nuôi như cua xanh, hàu, các vùng nuôi còn lại như An Ninh Đông, An Ninh Tây, An Hòa và An Hiệp cần xử lý nguồn nước thật kỹ trước khi thả giống. Chất lượng nước nguồn tại vùng nuôi hạ lưu sông Bàn Thạch (Đông Hòa) tại thời điểm thu mẫu chưa đạt yêu cầu. Các hộ nuôi cần chú ý kiểm tra DO thường xuyên nhằm hạn chế tôm thiếu ôxy nổi đầu lúc sáng sớm. Vibrio tại vùng nuôi Phước Long (xã Hòa Tâm) vượt ngưỡng cho phép 1,4 lần và có thể phát triển mạnh hơn trong tháng tiếp theo, bà con nên sử dụng vi sinh, hóa chất xử lý nước nhằm làm giảm mật độ vibrio, giảm mật độ tảo trong ao nuôi. Cần xử lý nguồn nước đầu vào thật kỹ trước khi thả nuôi bằng chlorine 30ppm nhằm tiêu diệt vi khuẩn vibrio trong ao nuôi. Thường xuyên kiểm tra các yếu tố môi trường, hạn chế sự dao động lớn giữa ngày và đêm, thường xuyên lặn kiểm tra hạn chế dư thừa thức ăn làm ô nhiễm môi trường nước. Định kỳ xử lý vi sinh nhằm khống chế hàm lượng ammonia tăng cao, phân hủy phân tôm và tảo tàn.