Những năm gần đây, tình trạng sử dụng hóa chất, kháng sinh cấm và hạn chế sử dụng trong nuôi thủy sản ngày càng gia tăng do dịch bệnh diễn biến phức tạp, ý thức của người dân trong việc sản xuất có trách nhiệm, tạo ra sản phẩm đảm bảo an toàn chưa cao.
Hiện, người nuôi sử dụng các loại hóa chất, kháng sinh cấm và hạn chế sử dụng như: Enrofloxacin, Malachite Green, Ciprofloxacin, Oxytetracylin, Sulfonamide, Florfenicol, Difloxacin, Amoxicillin…; trong đó, Enrofloxacin loại kháng sinh cấm được sử dụng phổ biến nhất do có phổ kháng khuẩn rộng. Các loại hóa chất, kháng sinh này được người nuôi trồng thủy sản sử dụng dưới dạng nguyên liệu là chính nhưng cũng có trường hợp sử dụng là sản phẩm được bao gói.
Thông thường người nuôi thủy sản đến đại lý kinh doanh hóa chất, kháng sinh khai báo bệnh và được các đại lý này bán thuốc mà không quan tâm đến các sản phẩm đó có phải là chất cấm hay không. Cũng có trường hợp người nuôi chủ động mua hóa chất, kháng sinh cấm về sử dụng do mang lại hiệu quả trị bệnh cao.
Trong khi, hoạt động kinh doanh các hóa chất, kháng sinh cấm tại các đại lý kinh doanh thuốc thú y thủy sản hiện rất tinh vi bằng cách chứa hàng ở nơi khác chứ không để tại cửa hàng. Do đó, việc phát hiện sử dụng hóa chất, kháng sinh cấm chủ yếu thông qua chương trình kiểm soát dư lượng các chất độc hại trong thủy sản nuôi và thực hiện truy xuất nguồn gốc sản phẩm không đảm bảo an toàn thực phẩm.
Ngoài ra, một số hóa chất, kháng sinh là chất cấm trong nuôi thủy sản nhưng lại được sử dụng trong chăn nuôi, dẫn đến nhiều khó khăn trong công tác quản lý hoạt động sản xuất, kinh doanh các chất này. Các cơ sở sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hóa chất, kháng sinh cấm không có địa chỉ rõ ràng hay chỉ là “doanh nghiệp ma” gây khó khăn cho công tác kiểm tra, giám sát. Cũng có trường hợp các hóa chất, kháng sinh cấm được các cơ sở dưới danh xưng là các công ty tổ chức bán trực tiếp cho các hộ nuôi thủy sản nên gây khó khăn trong công tác kiểm tra, xử lý vi phạm.